Bosque Costero Valdiviano:
Este tipo de bosque templado lluvioso se caracteriza por la presencia de árboles altos y una densa vegetación, con especies emblemáticas como el coigüe, tepa, tineo y olivillo. Su estructura compleja y biodiversidad lo convierten en un refugio vital para numerosas especies.
Bosque Nordpatagónico:
Presente en áreas más elevadas y frías del parque, este bosque se distingue por su vegetación adaptada a condiciones extremas, con especies como la lenga y el ñirre. También incluye formaciones de Tepuales, dominadas por el Tepú, donde la vegetación densa crea un hábitat único.
Bosque Ribereño:
Situados en los bordes de ríos y lagos, estos bosques actúan como interfase entre ecosistemas acuáticos y terrestres. Especies como el arrayán y la luma son comunes aquí, proporcionando sombra y estabilidad a las orillas.
Formadas por la acumulación de materia orgánica en ambientes saturados de agua, las turberas son importantes reservorios de agua y sumideros de carbono, dominadas por musgos del género Sphagnum. Este ecosistema está asociado a renovables y troncos muertos de ciprés, resultado de antiguos incendios relacionados con su extracción.
El parque cuenta con diversos humedales, incluyendo marismas, pantanos, ciénagas y mallines, que son esenciales para la biodiversidad, ofreciendo hábitats para aves migratorias, anfibios y otras especies acuáticas.
Las costas del parque presentan playas arenosas y rocosas, acantilados y roqueríos, creando hábitats para especies marinas, aves costeras y flora adaptada a condiciones salinas y vientos fuertes. Entre las playas destacadas se encuentran Playa Quilán, Playa Tricolor y Playa Checo.
El parque alberga numerosos ríos, lagunas y el Lago Tepuhueico, que son fundamentales para la fauna local, incluyendo peces, anfibios y mamíferos como el huillín. Estos cuerpos de agua son parte de un sistema hidrológico interconectado con el Lago Huillinco.
Las dunas costeras del parque son ecosistemas frágiles que albergan flora y fauna adaptada a condiciones extremas de viento y escasez de agua dulce.
Las praderas, influenciadas por el pastoreo, pueden evolucionar hacia matorrales, donde especies como el calafate, la chaura, la muta y el michay dominan el paisaje.
El Océano Pacífico es un ecosistema esencial para el parque, con aguas costeras ricas en biodiversidad marina, incluyendo mamíferos marinos, peces y aves pelágicas, que influyen en los ecosistemas costeros y terrestres adyacentes.